L'objectif de Flappy Dunk est de maintenir un ballon de basket en l'air en cliquant, en évitant tout contact avec le plafond ou le sol, ainsi que d'assurer que le ballon passe à travers les nombreux cerceaux. Le but est de marquer des points en réussissant à faire passer le ballon dans les cerceaux, un tir manqué entraînant la fin de la partie.